दक्षिण प्रशांत महासागर में स्थित द्वीप राष्ट्र वानुआतू गणराज्य (Republic of Vanuatu) ने दीपक खन्ना को सर्वोच्च नागरिक सम्मान 'राष्ट्रपति पदक' प्रदान किया है। खन्ना को मीडिया और दूरसंचार के क्षेत्र में उनके योगदान के लिए यह सम्मान मिला है। दीपक वानुआतू गणराज्य में सर्वोच्च नागरिक सम्मान प्राप्त करने वाले पहले भारतीय हैं।
अप्रैल 2020 में टीसी हेरोल्ड चक्रवात ने वानुआतू के अधिकांश उत्तरी द्वीपों को नष्ट कर दिया था। इस मुश्किल समय में दीपक खन्ना ने कनेक्टिविटी बहाल करने और पीड़ितों को चिकित्सा सहायता प्रदान करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई थी। इसी के कारण उन्हें यह सम्मान प्रदान किया गया है।